Có hai con với vợ mình Kate Siegel - một con trai tên là Cody Paul Flanagan (sinh ngày 26 tháng 11 năm 2016) và một con gái tên là Theodora Isabelle Irene Flanagan (sinh ngày 3 tháng 12 năm 2018).
Có một con trai tên Rigby Flanagan-Bell với nữ diễn viên Courtney Bell.
Anh ta có nguồn gốc Ireland, Anh, Ba Lan và Pháp-Canada.
Nhắc lại liên tục những kỷ niệm đau lòng về tuổi thơ đau khổ của nhân vật, thường liên quan đến cái chết được hỗ trợ bởi siêu năng lực của ít nhất một phụ huynh.
Thường xuyên đạo diễn trong thể loại kinh dị.
Thường xuyên trong các vai diễn Henry Thomas, Katie Parker, Carla Gugino và vợ anh là Kate Siegel.
